Le gestionnaire de la Réserve doit élaborer un plan de gestion qui s’appuie sur une évaluation scientifique du patrimoine naturel de la Réserve et de son évolution. Ce document décrit également les objectifs que le gestionnaire s’assigne en vue de la protection des espaces naturels de la Réserve. Avant validation par le Président du Conseil Régional, le gestionnaire doit recueillir l’avis du Comité Consultatif et du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel. Un plan de gestion est valable 5 ans au-delà desquels il est réexaminé et éventuellement, modifié.

Son élaboration se fait en plusieurs étapes. D’abord, il faut établir un diagnostic du site de la Réserve, duquel découle l’analyse des enjeux et la définition des objectifs de gestion à proprement parlé. Enfin, la déclinaison en opérations chiffrées sur la durée du plan de gestion peut être faite. Le plan de gestion aide le gestionnaire à trouver des éléments quant à la façon de mener à bien ses missions, de maintenir en bon état ou d’améliorer les écosystèmes ou les éléments géographiques protégés, etc. C’est un document de référence pour la gestion de la Réserve.