Comme dans tous les espaces naturels, les écosystèmes présents sur le territoire de la RNR des Isles du Drac sont sous l’influence de plusieurs paramètres. Le climat, ici continental montagnard, joue un rôle important, ainsi que l’exposition au soleil par exemple. L’influence de la présence de l’Homme n’est pas négligeable non plus. Depuis des siècles, il façonne le paysage selon ses besoins, en construisant des digues, des canaux ou encore des barrages. Cela a des répercussions importantes sur les cours d’eau (leur morphologie, leur débit,…) et donc également sur les espèces qui en dépendent.

Les question de l'embroussaillement, la gestion des espèces à problème (les espèces invasives par exemple), ou encore la gestion de l'eau et des milieux aquatiques sont des problématiques clés qu'il est important de prendre en compte dans l'entretien et le maintien des espaces naturels à long terme. Cela passe par des travaux d'essartement, une gestion adaptée de l'Espace Naturel Sensible des Isles, la sensibilisation du plus grand nombre à la protection de l'environnement,...